Pimpinan IDIA memandang kerjasama dan pengembangan jaringan merupakan bagian penting IDIA dalam rangka proses alih status ke universitas, sekaligus terwujudnya visi dan misi IDIA. Sehingga, IDIA membuka diri kepada perguruan tinggi, instansi pemerintahan dan non pemerintahan, lembaga atau asosiasi, serta lembaga pendidikan formal – non formal menengah atas ke bawah.

Saat ini IDIA telah membangun kerjasama dan pengembangan jaringan dari berbagai aspek di dalam maupun luar negeri, diantaranya adalah sebagai berikut:

Perguruan Dalam Negeri: 1. UIN Maulana Malik Ibrahim Malang, 2. Sekolah Tinggi Agama Islam As-Syukriyah Tangerang Banten, 3. STAIN Ponorogo. 4. STDI Imam Syafi’ie Jember.

Perguruan Tinggi Luar Negeri: 1. Institut Islam Hadhari Malaysia, 2. Fakulti Pengajian Islam Universitas Kebangsaan Malaysia (UKM), 3. Jamiah Islam Syaikh Daud Al-Fathani (JISDA) Yala Thailand, 4.University of Singapore (NUS).

Lembaga Pemerintahan & Non Pemerintahan dalam Negeri; 1. Bank Nasional Indonesia (BNI) Syariah, 2. Bank Rakyat Indonesia (BRI) Syariah, 3.BPRS Sumenep. 4. Pegadaian Syariah. 5. MUI Pusat